docs: 更新 REFACTOR.md 清单和 roadmap.md 0.7.0 开发记录

- REFACTOR.md: 整理已完成/待办项，移除已废弃条目
- roadmap.md: 补充 0.7.0 版本完整开发记录与 BREAKING CHANGE 说明

REFACTOR.md

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 # 兼容性报告
 
 无法兼容历史的数据库、知识库、配置项，只能重新创建项目
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 - [ ] 权限新增一个 guest 的预设字段，暂无任何权限
 - [ ] rename database table name, such as skills -> agent_skills, subagents -> agent_subagents, mcp, tool_call, 等等
 - [x] department 的 id 也不能使用那个索引的 id 来使用了，应该是一个独立的 dept_id，需要确认
-- [ ] allow user config skill, and envs
-- [ ] 添加 Skill 的权限设计
+- [x] allow user config envs
 - [ ] add model retry times to agent context config
-- [ ] add user envs when load sandbox
-- [ ] Config spacy model 的 load
+- [ ] 添加用户级别的 Skills 的安装
+- [ ] 子智能体的优化，参考 PR 的方案。
+- [ ] 附件上传能够支持转换为 PDF
+- [ ] 参考 PR，实现内置 Dashscope 的 Embedding 和 rerank 的方法
+- [ ] 优化知识库的 API 接口设计，使用 /{db_id}/xxx 的形式，整合 mindmap / eval 接口
 - [x] allow multi-hop qa generate
 - [x] 在工作区的文件编辑的时候，保存和取消的按钮应该是悬浮在编辑框的右上角，而不是在 header 上面
 - [x] default enable all build in tools / kbs / skills / mcps / subagents
 - [x] 链接 Notion 和 feishu 目前来看，都是支持的
-- [x] 知识库的权限调整，修改为三个等级，全局共享、部门共享（选择多个部门，默认是自己部门且必须包含自己部门）、指定人可访问（选择多个用户，默认是仅自己，可以添加其他人）。UI 上也需要调整，三个卡片不再是等宽，而是选中的会宽一点，并展示描述以及选择按钮，未选中的则是默认宽度，仅显示标题。对于选中的卡片除了展示描述、按钮之外，还包括“X 个部门可访问”、“X 个用户可访问”的信息展示。全局的就看是所有用户可访问。所以等级的字段配置也要重新设计，不需要考虑兼容，所有知识库都会重新构建。
-- [x] databaseinfo 的重构，在左侧展示那个 tab 标签吧，将文件管理（filetable）以及右侧的那些图谱、检索、检索配置、评估之类的，都列为不同的 tab，进入之后默认激活的是 filetable。这样页面布局就好的多。作恶侧边栏除了这些 tab 之外，顶部是和 Skill Detail 那里的 header 一样，
-- [x] 当前的评估基准是最重要的是评估数据集和评估结果都是放在一个文件里面的，这个是绝对不可以的，应该是放在数据库里面，比如评估数据集是一个表，每一个评估的题目是一个表，评估的结果是一个表，每一个评估的 item 也是一个表，但是数据表太多要注意命名规范。现在第一步就是完成原本的评估的功能的重新梳理
+- [x] 知识库的权限调整，修改为三个等级，全局共享、部门共享、指定人可访问- [x] 当前的评估基准是最重要的是评估数据集和评估结果都是放在一个文件里面的，这个是绝对不可以的，应该是放在数据库里面，比如评估数据集是一个表，每一个评估的题目是一个表，评估的结果是一个表，每一个评估的 item 也是一个表，但是数据表太多要注意命名规范。现在第一步就是完成原本的评估的功能的重新梳理
 - [ ] 考虑如何将知识库更好的挂载到沙盒，是不是可以使用一个别的后端，但是使用别的后端是否还能读取到数据？应该不能
 - [ ] 智能体体系改进。

docs/develop-guides/roadmap.md

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 - 拓宽检索的知识源，统一多知识源（channel），目前已知知识库/知识图谱/网页，可拓展：个人知识库、数据库、历史对话等
     - 前置任务，多知识库并行检索（扩展 query_kb）
     - 新增 query_keywords 工具，专门用于基于关键词命中的排序，也结合词频（和 BM25 的区别？）
+- 调研将当前知识库映射为虚拟文件系统工具的可行性，先明确文件树映射、权限边界、内容读取与 Agent 工具调用形态，再决定是否实现
 - 参考 AgenticRAG 方案扩展当前 Search 工具：基于知识库工具返回的 resource_id/file_id 改进 Search 返回递增文件序列 ID，完善 Find 与 Open 能力；Summary 暂缓
 - 评估，基于 Agent 的评估，这里应该是结合 Langfuse 实现
 
 ### Bugs
 - 目前的知识库的图片存在公开访问风险
 
-### BREAKING CHANGE（不兼容变更，0.7 版本再实现）
-- 将自定义provider 的实现逻辑，从文件移动到数据库中，并将相关处理代码，移出 config 文件，放到 provider 模块中
-- 已补充方案文档：`docs/vibe/2026-04-18-custom-provider-db-refactor-plan.md`，明确采用“provider 一行、models 放 JSON、移除 provider 默认模型”的落地方案
-- 优化知识库的 API 接口设计，使用 /{db_id}/xxx 的形式，整合 mindmap / eval 接口
-- 移除 v1 版本的 provider 统一接口，改为 v2 版本的 provider 模块接口
+### BREAKING CHANGE（不兼容变更，0.7 版本）
+- Provider 与模型配置收敛：移除旧版 v1 模型配置与 Ollama 支持，运行时模型统一使用 `provider_id:model_id` 与独立 provider 模块；自定义 provider 实现逻辑从文件移动到数据库，并从 config 文件迁移到 provider 模块。
+- 智能体运行时语义收敛：用户可见的 `AgentConfig` 收敛为数据库持久化的一级 `Agent`，内置 Python Agent 改为智能体后端；聊天、运行任务、恢复审批和文件预览均从线程绑定的 Agent 解析运行时上下文，前端只提交 `agent_id`。
+- 知识库能力边界收敛：移除 Upload 与 LightRAG 知识库/图谱能力，知识库类型收敛为 Milvus 与只读连接器；知识库 API 统一使用 `/{db_id}/xxx` 形式，并整合 mindmap / eval 等子接口。
+- Agent 资源默认选择与权限过滤：未显式配置工具、知识库、MCP、Skills、SubAgent 时默认启用当前用户可访问/可用的全部资源，显式保存空列表仍表示不启用对应资源；Agent 创建前统一完成最终资源权限过滤、知识库 `db_id` 可见范围派生和 Skill prompt/readable 依赖闭包派生。
+- 历史兼容层精简：移除 sandbox provisioner `local` 后端别名、ask_user_question 单问题旧协议、JWT 历史默认密钥特殊判断、内置 Skill `SKILLS.md` 文件名回退、运行事件数字 seq 兼容和前端旧字段回退。
+- 用户身份命名收敛：原业务登录标识统一改为 `uid`，Agent/LangGraph runtime、conversation、agent_run、sandbox 路径和前端用户态均使用字符串 `uid`；`user_id` 仅保留给外部响应中的数值 `users.id` 或真实外键场景。
 
 ## 版本记录
 
-### 0.6.3 开发记录
+### 0.7.0 开发记录
 
-<!-- 0.6.3 的内容请放在这里 -->
+<!-- 0.7.0 的内容请放在这里 -->
+- 重构智能体配置语义：用户可见的 `AgentConfig` 收敛为数据库持久化的一级 `Agent`，内置 Python Agent 改为智能体后端；新增 `/api/agent` 管理与运行接口，聊天、运行任务、恢复审批和文件预览均从线程绑定的 Agent 解析运行时上下文，前端只提交 `agent_id`，并在模型配置页新增“智能体”管理页签。
+- 删除 Upload 与 LightRAG 图谱/知识库能力：知识库类型收敛为 Milvus 与 Dify，只保留 Milvus 知识库内图谱构建/展示/检索，移除独立 `/graph` 页面和默认上传图谱工具。
+- 收敛只读知识源连接器：新增 `ReadOnlyConnectors` 基类，Dify 改为声明自身创建参数与校验规则，新增 Notion Data Source 只读知识库并支持 Search/Find/Open；知识库类型接口返回创建参数 schema，前端新建表单按类型动态渲染非 Milvus 配置并统一保存到 `additional_params`。
+- 新增知识库 Chunk 持久化：Milvus 知识库索引/更新流程会将 chunks 双写到 PostgreSQL `knowledge_chunks` 表与 Milvus，文件内容查看优先查询 PostgreSQL，并为位置信息、图谱实体关联、标签和抽取结果预留结构化字段。
+- 完善 Milvus 知识库图谱构建：修复 Chunk 图谱写入返回值、Neo4j 同步写入阻塞事件循环、重复构建任务竞态、图谱查询提前终止、Neo4j 连接复用、LLM 抽取超时重试和前端错误详情展示等问题；图谱构建会将 entity/triple 本体与 chunk 引用写入 PostgreSQL，并为唯一 entity/triple 建立 Milvus 语义索引，单文件删除时同步清理图谱引用和孤儿向量。
+- 优化图谱抽取器配置：未配置时在图谱中心展示配置入口，抽取方案收敛为 LLM，前端仅保留“更多拓展中”占位；LLM 抽取器使用固定 Prompt + 自定义 Schema，并支持模型参数与并发队列数；已配置后允许修改参数并提示重置重抽风险。修复上传并入库新文件时旧内存 metadata 覆盖数据库图谱配置的问题。
+- 新增 Milvus 图谱检索链路：Query 可召回图谱实体和三元组，结合 Chunk 命中实体构造 seed entity，读取 Neo4j 2-hop 子图后用 igraph 执行 PPR，最终以 Chunk 为产物并通过 RRF 与原 Chunk 召回融合；检索配置改为 dataclass 元数据生成，支持 `depend_on` 控制重排序和图检索参数展示。
+- 收紧用户管理部门隔离：普通管理员创建用户时固定归属本部门，用户列表、访问选项、详情、更新和删除接口均限制在本部门范围内。
+- 调整 Agent 资源默认选择与运行时上下文：未显式配置工具、知识库、MCP、Skills、SubAgent 时默认启用当前用户可访问/可用的全部资源，显式保存空列表仍表示不启用对应资源；Agent 创建前统一完成最终资源权限过滤、知识库 `db_id` 可见范围派生和 Skill prompt/readable 依赖闭包派生，聊天运行时与文件系统预览复用同一结果。
+- 精简历史兼容层：移除 sandbox provisioner `local` 后端别名、ask_user_question 单问题旧协议、JWT 历史默认密钥特殊判断、内置 Skill `SKILLS.md` 文件名回退、运行事件数字 seq 兼容和前端若干旧字段回退。
+- 重构知识库共享权限：`share_config` 改为全局共享、部门共享、指定人可访问三档，部门共享必须包含当前用户部门，指定人可访问必须包含当前用户，并补充权限过滤测试。
+- 移除知识库沙盒文件系统映射：不再通过 `/home/gem/kbs` 暴露知识库文件树，Agent 继续使用 `query_kb` 与 `open_kb_document` 访问知识库内容。
+- 规范 Agent 知识库 Search/Find/Open 工具协议：`resource_id` 统一表示知识库 `kb_id`，Search 返回结构化 `resource_id/file_id/chunk` 结果，新增 `find_kb_document` 在已知文件内做关键词或正则定位，Open 默认窗口扩大到 1800 行。
+- 收敛知识库分块配置：分块预设仅表达策略选择，通用分块参数统一通过 `chunk_parser_config` 传递；移除 `chunk_size`、`chunk_overlap`、`qa_separator` 等旧 root 字段兼容。
+- 收敛知识库文件解析参数：文件级 `processing_params` 统一保存 `ocr_engine` 与 `ocr_engine_config`，解析阶段直接使用该结构并保留分块参数快照。
+- 修复知识库文件大小显示为 0 的问题：文件上传时 `file_sizes` 参数未正确传播或历史数据缺失导致 DB 中 `file_size` 为 `None`；新增 `MinIOClient.stat_file/astat_file` 获取文件大小方法，`add_file_record` 在 `size` 缺失时从 MinIO 回补，`_load_metadata` 加载元数据后自动为缺少 `size` 的文件从 MinIO 补全并持久化。
+- 优化评估基准自动生成：生成任务支持配置队列并发数，默认 10，范围 1-20。
+- 重梳理知识库评估存储：评估数据集、题目、评估运行和逐题结果统一入库，JSONL 仅作为导入/导出格式；后端和前端 API 统一使用 dataset/run 语义。
+- 扩展知识库上传来源：添加“从工作区上传”模式，后端将当前用户工作区文件预处理上传到 MinIO，前端沿用现有 `addDocuments` 入库链路提交 MinIO URL、内容哈希和文件大小。
+- 重构知识库详情页布局：`DatabaseInfo` 改为顶部详情 header + 左侧功能 tab 侧边栏 + 右侧内容区，Milvus 默认进入文件管理，并将检索测试、知识图谱、知识导图、检索配置、RAG 评估和评估基准统一纳入侧边栏导航；只读连接器保留检索测试与检索配置。
+- 收敛独立模型配置模块运行时：运行时 chat / embedding / rerank 均统一从 provider 模块与模型缓存读取 `provider_id:model_id`；旧版静态模型配置、v1 slash spec、旧模型列表接口和 Ollama 适配已移除。
+- 调整智能体配置归属与字段权限：`AgentConfig` 从部门共享改为按 `uid` 隔离，所有登录用户可管理自己的配置；`BaseContext` 支持字段级 `auth` 元数据，后端按用户角色过滤可见与可保存的配置项。
+- 新增用户级沙盒环境变量：增加 `agent_envs` 表与 `/api/user/agent-env` 接口，设置面板支持当前用户维护 Agent 沙盒环境变量；创建新沙盒时与全局 `sandbox.env` 合并注入，用户变量优先。
+- 收敛用户身份命名：原业务登录标识统一改为 `uid`，Agent/LangGraph runtime、conversation、agent_run、sandbox 路径和前端用户态均使用字符串 `uid`；`user_id` 仅保留给外部响应中的数值 `users.id` 或真实外键场景。
+- 工作区知识库分类显示：知识库侧边栏按创建者分组为“我的知识库”和“共享知识库”，自己创建的知识库显示在“我的知识库”下，非自己创建的显示在“共享知识库”下；`knowledge_bases` 表新增 `created_by` 字段记录创建者 uid。
 
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