docs: 更新重构进度和 roadmap

- 更新 REFACTOR.md 中已完成的任务状态
- 补充 roadmap.md 新增功能记录
- 删除过时的图片资源

REFACTOR.md

@@ -15,14 +15,16 @@
 
 - [x] 移除所有对于 v1 的模型的代码的支持、移除所有对于 legacy 参数的支持
 - [x] 移除 lightrag
-- [ ] 新增图谱构建，支持自定义 Schema、支持自定义并发数，知识库与向量检索解耦
-- [ ] 知识图谱抽取要求支持并发处理
+- [x] 新增图谱构建，支持自定义 Schema、支持自定义并发数，知识库与向量检索解耦
+- [x] 知识图谱抽取要求支持并发处理
 
 
 ## 权限部分
-- [ ] Agent 的 user_id 使用的有歧义，从数据库表到代码中都修改为统一使用 yuxi_id 来代替
+- [x] Agent 的 user_id 使用的有歧义，从数据库表到代码中都修改为统一使用 yuxi_id 来代替
 - [ ] 权限新增一个 guest 的预设字段，暂无任何权限
-- [ ] department 的 id 也不能使用那个索引的 id 来使用了，应该是一个独立的 dept_id，需要确认
+- [x] department 的 id 也不能使用那个索引的 id 来使用了，应该是一个独立的 dept_id，需要确认
 - [ ] allow user config skill
 - [ ] Config spacy model 的 load
-- [ ] 在工作区的文件编辑的时候，保存和取消的按钮应该是悬浮在编辑框的右上角，而不是在 header 上面
+- [x] 在工作区的文件编辑的时候，保存和取消的按钮应该是悬浮在编辑框的右上角，而不是在 header 上面
+- [ ] default enable all build in tools / kbs / skills / mcps / subagents
+- [ ] 链接 Notion 和 feishu 目前来看，都是支持的

docker/sandbox_provisioner/app.py

@@ -310,8 +310,8 @@ class LocalContainerProvisionerBackend:
         cmd = (
             "sh -lc "
             '"mkdir -p /home/gem/user-data/workspace /home/gem/user-data/uploads /home/gem/user-data/outputs '
-            '&& chmod a+rwx /home/gem/user-data /home/gem/user-data/workspace '
-            '/home/gem/user-data/uploads /home/gem/user-data/outputs"'
+            '&& chmod -R a+rwx /home/gem/user-data/workspace '
+            '&& chmod a+rwx /home/gem/user-data /home/gem/user-data/uploads /home/gem/user-data/outputs"'
         )
         result = container.exec_run(cmd, user="0:0")
         if result.exit_code != 0: